Itachi Uchiha, juntamente com Madara Uchiha, matou todos os membros do Clã Uchiha, deixando somente seu irmão, Sasuke Uchiha,vivo. Com esse fato tornou-se uma pessoa intensamente fria e calculista. Com essas mortes tornou-se Nukenin da Vila Oculta da Folha, e entrou para a Akatsuki, uma organização secreta que tem como objetivo capturar todos os Bijuu para criação da Bijuu de 10 caudas Juubi
Itachi Uchiha era conhecido como o prodígio do Clã Uchiha. Entra na Academia Ninja aos 6 anos, se forma e vira Gennin com 7 anos, desenvolveu o Sharingan com 8, se tornou Chunnin perto dos seus 10, aos 12 entra para a ANBU e no ano seguinte já era líder da organização, crescendo com muita expectativa. Segundo suas palavras, tanto poder o isolava do mundo real; Era o exemplo que seu irmão, Sasuke Uchiha, não deveria seguir, segundo seu pai, Fugaku Uchiha. Seu amigo, Shisui Uchiha, conhecido como Shunshin no Shisui foi encontrado morto no rio Nakano, com uma nota de suicídio, dizendo que estava cansado deste clã sem futuro. A polícia não aceitou a sua escrita como sendo dele mesmo, e foi atrás de Itachi. Dizendo que com o Sharingan é fácil copiar a letra de outra pessoa, as suspeitas acusavam Itachi como um possível assassino, pois na noite anterior os únicos que não foram a reunião dos Uchihas foram Itachi e Shisui. Fugaku pai de Itachi pergunta "o que está acontecendo Itachi", o mesmo diz que está tentando alcançar seu ápice e joga sua kunai na parede que acerta bem no meio do símbolo do clã Uchiha, Sasuke que tudo vê grita para seu irmão parar, Itachi cai de joelhos e diz que, "não foi ele que fez isto, me desculpe pelo o que aconteceu e pelo o que disse", a polícia vai embora, Itachi olha para seu irmão seu sharingan mudou de forma. 
Como é explicado mais tarde, Itachi o matou, já que para se conseguir esse Mangekyou Sharingan é necessário matar o seu melhor amigo (ou alguém muito próximo do usuário do Sharingan em questão, de maneira a que a dor pela perda da pessoa active o Mangekyou Sharingan. Por esta razão, a pessoa não tem de ser necessariamente assassinada.)
O PEGUENO IRMÃO CRESE...
No ponto de encontro, Zetsu aparece e diz que Deidara se matou se transformando numa bomba gigantesca, Kisame então fica inconformado por perder outro membro, Zetsu diz que foi o Sasuke e se interrompe dizendo que Sasuke também morreu Itachi então baixa a cabeça e nada diz. Kisame então diz que Deidara se matou para matar Sasuke, Pein fala para Itachi e Kisame serem gratos a Deidara que eliminou o problema, Kisame então diz que alguém esta faltando e Zetsu diz que Tobi aparentemente morreu, Kisame diz que embora Tobi fosse bom em correr era impossível escapar da área de destruição do jutsu. Pein então diz que um homem como Tobi é fácil de conseguir, mas não igual a Deidara. Kisame ironiza a resposta, pois Tobi tinha a habilidade de conseguir animar uma organização sombria, Pein então se retira dizendo que estará de luto por Deidara. Todos desaparecem exceto Itachi que fica silencioso. Sasuke está numa caverna e então vê um vulto se aproximando. Ele pergunta quem é. Itachi se revela com um corvo sobre seu braço e pede que ele vá sozinho ao esconderijo Uchiha para melhor conversarem.
A Equipe Hebi chega ao local do esconderijo do Clã Uchiha como foi indicado por Itachi à Sasuke, Hoshigaki Kisame adverte que somente Sasuke poderá passar daquele ponto, os outros deveram esperar a batalha dos Irmãos Uchiha. Itachi pergunta para Sasuke o que ele vê, e esse responde que o vê morto, Itachi pede que ele faça acontecer. Sasuke crava sua Espada Kusanagi no abdômen de Itachi.
Sasuke pergunta quem é o terceiro usuário do Sharingan, quem é esse Uchiha (esse Uchiha que foi mencionado por Itachi quando esse dizimou o Clã Uchiha), Itachi por que o interesse, Sasuke afirma que depois de matar Itachi irá matar esta pessoa por ter o ajudado na dizimação do Clã Uchiha. Itachi diz que é Madara Uchiha, um dos fundadores da Vila Oculta da Folha e o primeiro usuário do Mangekyou Sharingan. Itachi diz que percebeu que Sasuke ainda não possui o Mangekyou Sharingan, Sasuke diz que não precisa dele para matá-lo. Zetsu, que a tudo observa, diz que eles não mexeram um músculo, estão lutando somente por Genjutsu. Quando se despertar o Mangekyou Sharingan ele começará a ficar cego progressivamente a cada vez que usá-lo. Madara Uchiha foi o primeiro homem a usar o Sharingan para controlar a Kyuubi, que ele é seu parceiro, seu mestre e que ele é imortal, que ele foi o único ninja a descobrir outro segredo do Mangekyou Sharingan.Itachi conta a história do Clã Uchiha, onde Madara Uchiha e seu irmão Izuna Uchiha despertaram o Mangekyou Sharingan, e logo dominaram o clã Uchiha, sendo Madara o líder do clã, mas, Madara usou de maneira leviana seu olhos e por conseqüência ficou cego, ele arrancou o Mangekyou Sharingan de seu irmão e implantou em si, adquirindo um novo Mangekyou Sharingan, e a escuridão nunca mais volto a seus olhos. Itachi diz que Sasuke será sua nova luz.Inicia-se a batalha dos irmãos, durante está, Itachi usa o Tsukuyomi e o Amaterasu, está técnica consome tudo o que encoste por sete (7) dias. Os dois estão completamente exaustos e quase sem Chakra, Sasuke realiza seu último Jutsu, Itachi observa que Sasuke usa técnicas do repertório de Orochimaru e que isso consumiu muito Chakra.
Uma tempestade elétrica começa agora no céu sob o Templo Uchiha, Sasuke canalizará os raios da tempestade na direção de Itachi é atingido, uma enorme explosão acontece, Itachi levanta exausto, mas como se não tivesse recebido o golpe, Sasuke retorna à sua forma demoníaca e algo começa a se formar em volta de Itachi, uma espécie de exoesqueleto gigante, Itachi diz para Sasuke observar o último jutsu dele, o Susano’o. Esta é a terceira técnica, juntamente com Amaterasu e Tsukuyomi que compõe os Três Grandes Deuses do Mangekyou Sharingan. Itachi pergunta se Sasuke tem alguma “carta na manga”, era para usá-la agora. Sasuke começa a ouvir uma voz em sua mente dizendo que se ele libertá-lo ele pode ajudá-lo, de selo amaldiçoado acaba libertando uma serpente de oito (8) cabeças, Itachi reconhece a técnica, é a técnica de Yamata no Jutsu, como Sasuke tentou liberar mais Chakra do que tinha, então não tinha como manter Orochimaru preso. As duas técnicas colidem e Orochimaru sai de uma das bocas da hidra (serpente de várias cabeças) e regurgita a Espada Kusanagi dizendo que irá matar Itachi e tomará seu corpo, mas a técnica Susano’o de Itachi atinge Orochimaru com uma espada, Orochimaru entra em desespero ao reconhecer a espada, Espada de Totsuka, a Espada de Totsuka, ou ‘’Katana Sakagari’’, possui um grande poder místico, o de selar qualquer um que seja ferido por ela em um eterno Genjutsu. Com Orochimaru derrotado Itachi se dirige a Sasuke, Itachi sem chakra já está quase morrendo, o Susano’o gera sérios efeitos colaterais, Sasuke é encurralado em uma parede e Itachi avança sua mão sobre os olhos e da-lhe um toque na testa, com um sorriso no rosto diz"Me perdoe,Sasuke...Não vai ter próxima vez" e assim Itachi Uchiha cai morto ao chão.
Ao término da batalha dos irmãos Uchiha, Zetsu se dirige ao local da batalha entre Tobi e um time da Vila Oculta da Folha (Naruto Uzumaki, Kakashi Hatake, Sakura Haruno, Sai, Shino Aburame, Hinata Hyuuga, Yamato, Kiba Inuzuka com Akamaru) e avisa-o do término da batalha, dizendo que Itachi Uchiha estava morto e que Sasuke Uchiha havia vencido, mas que esta seriamente ferido. Zetsu e Tobi se dirigem ao Templo Uchiha, Tobi pergunta se Zetsu havia gravado toda a batalha, e Zetsu confirma, e partem para o esconderijo da Akatsuki.
Sasuke é levado para o esconderijo da Akatsuki, Tobi revela sua identidade, falando que também é um Uchiha sobrevivente e que contará tudo sobre Itachi, revelando parte do seu rosto aparecendo o sharingan no seu olho direito quando Sasuke vê o olho de Tobi seu olho esquerdo ativa o sharingan e no mesmo momento o Mangekyou Sharingan se molda no olho de Sasuke, o ombro esquerdo de Tobi esta sendo consumido pelas chamas negras do Amaterasu, Tobi rapidamente escapa e Sasuke desfaz o jutsu. Tobi responde que aquilo foi o Amaterasu que Itachi implantou em Sasuke para matar Tobi ou pelo menos para manter-lo longe de Sasuke e complementa que Itachi fez isso para funcionar assim que entrasse em contato com seu sharingan, ativando o Amaterasu automaticamente. Tobi explica mais detalhadamente que Itachi em seus últimos momentos de vida ele canalizou os poderes de seus olhos e os transferiu para Sasuke, que sem entender o porquê retruca que Itachi não tinha o porquê fazer isso, Tobi então pergunta: "você ainda não entendeu?" "isso foi para te proteger Sasuke".
Tobi diz que à aparição da Kyuubi a 16 anos mudou a vida de Itachi, pois somente os poderes oculares dos Uchihas são capazes de controlá-la, como as suspeitas caíram sobre os Uchihas, a segurança teria de ser mais forte do que apenas a ANBU, as terras do clã foram remanejadas para um local extremo da vila, para melhor organizar a vigia sobre os Uchihas, mas os Uchihas estavam se organizando secretamente para um “Golpe de Estado” Fugaku pai de Sasuke e Itachi era o cérebro por trás do golpe. Itachi foi escolhido como espião de Vila da Folha, agindo como um “agente duplo” ele espionava o clã para Vila da Folha.
E para evitar uma guerra interna que causaria danos catastróficos pelo fato do clã Uchiha ser muito poderoso, tendo a possibilidade das outras nações invadirem o País do Fogo, causando uma nova guerra mundial, Itachi aceita a missão, ele não traiu o clã, ele simplesmente não tinha alternativa, a exclusão da vila e uma guerra ou a origem de seu clã, e ele fez sua escolha. Itachi descobriu Madara, este já tinha ódio pela vila e pelos Uchihas, Itachi lhe fez um ultimato, Itachi ajudaria Madara com sua vingança contra os Uchihas, mas ele não deveria fazer nada contra a vila, Madara aceitou. A chacina realizada por Itachi ocorreu sob ordens de Vila da Folha, somente quatro pessoas sabiam a verdade sobre Itachi, Hiruzen Sarutobi, Danzou e os conselheiros Homura e Koharu, além do próprio Madara. Antes desta ordem Sandaime Hogake tentou impedir de todas as maneiras possíveis, além de ser o único que desaprovou a ordem contra os Uchihas e tentou fazer uma reconciliação entre Vila da Folha e o clã, mas, já era tarde demais. A ordem foi executada e Itachi implorou ao Hokage que Sasuke nunca soubesse da verdade e que o protege-se de Danzou e os outros. Após a morte do Sandaime, Itachi voltou rapidamente para vila para avisar a Danzou e seus conselheiros que: "Ainda estou vivo". Mas Itachi também tinha um plano para seu irmão, pois para Itachi a vida de Sasuke era mais importante que a vila: ele queria que Sasuke o matasse. Devido a uma doença Itachi não teria muito tempo e este foi o momento certo, sua vontade era de morrer pelas mãos de seu irmão, para que ele despertasse o Mangekyou Sharingan, recebesse os doujutsus de Itachi, estivesse forte o bastante para se protejer quando Itachi morresse, e que ele fosse visto por Vila da Folha como um herói.
DESCUPE SASUKE É ISSO...
